L'expertise peut être financée à 100 % par l’employeur dans certains cas prévus par le Code du travail, comme lors de consultations sur la situation économique de l’entreprise ou celle sur la politique sociale, ou en cas de projet important modifiant les conditions de travail. Dans d’autres cas, une participation du CSE à hauteur de 20 % peut être requise comme pour la consultation sur les orientations stratégiques. Pour les expertises libres, le CSE doit les financer seul sur son budget de fonctionnement.
Le CSE peut recourir à une expertise auprès d’un expert-comptable notamment lors des consultations obligatoires (orientations stratégiques, situation économique et financière, politique sociale). Il peut aussi recourir à un expert habilité en cas de risque grave, de projet important, d’introduction de nouvelles technologies ou dans le cadre de la négociation sur l’égalité professionnelle dans les grandes entreprises. Enfin, il peut recourir à une expertise libre sur tout sujet de son choix.
L’employeur ne peut pas refuser une expertise si elle est justifiée et décidée selon les règles prévues par le Code du travail. En cas de désaccord, il peut saisir le tribunal judiciaire pour contester le bien-fondé ou le coût de l'expertise.
La durée varie en fonction du type d’expertise et de la complexité du sujet. En moyenne, une mission peut durer entre quelques semaines et plusieurs mois. Un calendrier est établi avec le CSE dès le début de la mission. Attention, dans certains cas la durée de l’expertise est forcément limitée par le délai de consultation accordé au CSE.